Oui, vous pouvez installer un système d'exploitation alternatif, tel qu'Ubuntu Touch, Lineage OS, Sailfish OS ou encore e-foundation. Ces communautés devront d'abord adapter leurs systèmes d'exploitation au Fairphone 3.
Tous les Fairphone 3 sont livrés avec un bootloader verrouillé, ceci afin de s'assurer qu'une personne malintentionnée ne puisse pas corrompre le périphérique en y installant son propre système ou image de démarrage. Si vous décidez d'essayer un système d'exploitation alternatif ou de contribuer aux efforts de développement, vous pouvez déverrouiller le bootloader de votre Fairphone 3 en suivant ce tutoriel.